Ninja Gaiden 4 je přímé pokračování Ninja Gaiden 3. Vývojáři se rozhodli představit zcela nového hlavního hrdinu Yakuma, který se ocitne v temné verzi Tokia budoucnosti. „Jedním z témat hry je návrat Temného draka, který uvrhl město do chaosu. V těchto podmínkách se bude muset Yakumo postavit svým nepřátelům a také hrozivému mistrovi ninjovi - Ryu Hayabusovi," stojí v oznámení vývojářů. Vývojáři se rozhodli pro nového hrdinu z důvodu, aby mohli sérii představit úplně novým hráčům, ale zároveň samozřejmě chtějí, aby si hru užili i fanoušci, kteří na pokračování čekali dlouhých třináct let. Ryu Hayabusa se bude objevovat v rámci příběhu, ale vývojáři zmiňují, že bude mít i vlastní hratelné pasáže, přičemž má odlišné vlastnosti než Yakumo.